Das Gebiet mit seinen 322 km² weist viel ursprüngliche Natur auf. Hier blieb eine Vielzahl von Pflanzen und Tieren erhalten, wie kaum anderswo in Europa. Zu verdanken ist das einem Mosaik verschiedener naturnaher Lebensräume, die zum Teil seit langem als Naturschutzgebiete ausgewiesen waren. 2011 wurden die Serrahner Buchenwälder von der UNESCO als Weltnaturerbe anerkannt. Außerdem erhielt der Nationalpark im selben Jahr das Zertifikat der Europäischen Charta für nachhaltigen Tourismus.

Die Seen sind eine Besonderheit im Müritz-Nationalpark. Über 100 von ihnen sind größer als 1 ha. Der größte Binnensee Deutschlands ist hierbei die Müritz.